Polega na obejrzeniu całego jelita grubego przy pomocy giętkiego endoskopu wprowadzanego przez odbyt. Kolonoskopia jest w przypadku podejrzenia choroby jelita badaniem z wyboru tzn. najlepszym. Umożliwia precyzyjną diagnozę, pobranie tkanek (biopsję) i wyleczenie niektórych chorób (np. usunięcie polipów w trakcie badania).
Przed wykonaniem badania wskazana jest wizyta u lekarza aby potwierdzić celowość wykonania kolonoskopii i omówić metodę przygotowania do badania i sposób znieczulenia w konkretnym przypadku. Bardzo ważne jest odpowiednie przygotowanie się do badania. Dzień poprzedzający badanie poświęcony jest przeczyszczeniu jelita, zwykle za pomocą doustnego preparatu wypijanego w porcjach w ciągu całego dnia.
Kolonoskopia wykonana przez doświadczonego endoskopistę jest badaniem bezpiecznym, krótkim i zazwyczaj dobrze tolerowanym. Na ogół wystarczające jest znieczulenie miejscowe. W pewnych przypadkach (przebyte liczne operacje brzuszne, bolesna kolonoskopia w przeszłości czy wzmożona wrażliwość na ból) konieczne jest wykonanie badania w znieczuleniu dożylnym w obecności anestezjologa. Zastosowanie znieczulenia sprawia, że badanie jest niebolesne i przebiega w pełnym komforcie.
Kolonoskopia powinna być wykonywana profilaktycznie u każdego po 50 roku życia co 10 lat. Jeśli występują objawy ze strony jelita o wskazaniu do badania decyduje lekarz. Nie istnieje na całym świecie badanie, które może kolonoskopię w pełni zastąpić. W szczególnych przypadkach alternatywą mogą być:
- rektoskopia lub sigmoidoskopia (jeśli wystarczy zbadać część jelita)
- wlew doodbytniczy, czyli badanie radiologiczne jelita grubego
- tzw. wirtualna kolonoskopia (kolonografia) wykorzystująca promienie rentgenowskie i wymagająca najnowszej generacji tomografu komputerowego – („zwykła” tomografia nie pozwala na ocenę jelita).
Wlew i wirtualna kolonoskopia mają jednak liczne wady – są mniej dokładne niż kolonoskopia, dłużej trwają, nie ma możliwości pobrania biopsji ani usuwania zmian np. polipów, więcej jest błędów w interpretacji wyników. Tak jak kolonoskopia wymagają całodobowego przygotowania (oczyszczenia jelita). A jeśli jelito jest rzeczywiście chore i tak konieczna jest kolonoskopia.